La Contrarreforma Católica no fue simplemente una reacción defensiva frente a Lutero, sino un movimiento que buscó simultáneamente frenar el avance de la Reforma Protestante y revisar desde adentro las prácticas morales y doctrinales de la Iglesia de Roma. Su pieza central fue el Concilio de Trento, que sesionó entre 1545 y 1563, y desde el cual se emitieron pronunciamientos que definirían el catolicismo por siglos: la equiparación de la Escritura, la tradición y el magisterio de la iglesia como fuentes igualmente válidas para la salvación, y la reestructuración de seminarios y órdenes religiosas.
Uno de los movimientos más reveladores de este concilio fue la oficialización de los libros deuterocanónicos. Aunque estos textos habían circulado en la Vulgata —la traducción latina de Jerónimo— nunca habían sido declarados canónicos formalmente. El hecho de que fueran oficializados en 1546, exactamente 29 años después de que Lutero clavara sus 95 tesis, dice mucho: algunos de esos libros contienen pasajes que Roma usó para justificar prácticas como orar por los muertos, prácticas que la Reforma había cuestionado directamente.
La contrarreforma también institucionalizó la Inquisición, que llegó hasta América Latina con sedes en Lima, México y la Gran Colombia, y que funcionó hasta 1820. Ese control hegemónico de España y Portugal sobre el continente explica en buena parte por qué la Reforma Protestante nunca echó raíces aquí durante siglos. El pastor Núñez señala que incluso en tiempos recientes, los protestantes latinoamericanos eran vistos con el mismo recelo con que se miraba a los comunistas, un legado directo de aquella época de persecución institucionalizada.
